بسیاری از حیوانات و گیاهان قادر به پاسخگویی به حوادث محیطی، حتی قبل از آن که حوادث رخ بدهند هستند. به عنوان مثال، بسیاری از حیوانات که در طول روز فعال هستند، درست قبل از طلوع خورشید بیرون می آیند. گیاهان نیز می توانند طلوع آفتاب را پیش بینی کنند و حتی قبل از آنکه خورشید واقعا طلوع کرده باشد، برگهای خود را به طرف افق بگسترانند. به همین ترتیب، گیاهانی که حرکات خواب را نشان میدهند، کمی قبل از طلوع آفتاب، از خواب بیدار میشوند (برگهایشان را برافراشته می کنند)؛ لذا این موجودات باید برخی از آگاهی داخلی را در مورد زمان داشته باشند. این مسئله اغلب به عنوان «ساعت زیستی» مطرح می شود. ساعت زیستی یک سیستم زمان بندی داخلی (درون زاد) است که بدون هیچ نشانه خارجی، ادامه می یابد و فعالیتهای گیاهان و حیوانات را کنترل می کند؛ گویی خلقت برای درک زمان مجهز شده است.
ساعت زیستی برای گیاهان مزایایی دارد، از جمله:
* گیاهان را قادر می سازد تا تغییرات محیطی مانند طلوع آفتاب را پیش بینی کن و فتوسنتز را به حداکثر برسانند.
* گیاهان را قادر می سازد تا برای شرایط سخت دورهای محیط زیست (زمان خشکسالی و غیره) خود را مهیا کنند.
* گیاهان را قادر می سازد همزمان گلدهی کنند. هنگامی که گرده افشانها در دسترس هستند، احتمال گرده افشانی را افزایش میدهد.
از آن جایی که عملکرد ساعتهای زیستی پیش بینی تغییرات محیطی است، آنها تمایل دارند ریتم های محیطی مانند تغییرات روزانه، ماهانه و فصلی را تنظیم کنند؛ در حالی که رفتار یا پاسخ خودشان توسط ساعت زیستی داخلی (درون زاد) میانجیگری میشود، ساعت برای این چرخه های محیطی بیرونی تنظیم می شود؛ در نتیجه دوره های عمومی روزانه، ماهانه و سالانه برای ریتمهای زیستی مشاهده می شود. اگر ریتم زیستی با یک ساعت زیستی کنترل شود، حتی در غیاب محرک خارجی (برون زاد)، ادامه خواهد یافت. رفتار یک پاسخ مستقیم به یک عامل محیطی نیست، بلکه به طور درونی، به وسیله مکانیسم زمان بندی داخلی که در اصل منشا ژنتیکی دارد، کنترل میشود. بسیاری از ریتم های سیرکادین (روزانه) مانند حرکات خواب، باز و بسته شدن کل و ردیابی خورشید بطور درون زاد (با یک ساعت زیستی درونی) کنترل می شود .

رتتم های سالانه مانند جوانه زنی بذر، گلدهی و افتادن برگ، اغلب توس برون زاد (خارجی) مانند تغییر درجه حرارت کنترل می شوند؛ به عنوان مه برگ ریز هر سال در پاسخ به تغییر طول روز برگهای خود را
توسط عوامل می شوند؛ به عنوان مثال گیاهان های خود را از دست می دهند.

آهنگ­های سیرکادین: آهنگ­های درونی؛ آهنگ­های ۲۴ ساعته